Os documentos podem ser processados de diversas formas:
- Por via eletrónica, desde que garantida a autenticidade da sua origem e a integridadedo seu conteúdo;
- Por programa informático certificado pela AT;
- Através de software produzido internamente pela empresa ou por empresa integrada no mesmo grupo, cujos respectivos direitos seja detentora;
- Através do Portal das Finanças, é criada nova funcionalidade;
- Em papel, utilizando-se impressos em tipografia autorizada.
Os documentos devem ser processados em três exemplares, com exceção dos emitidos por via eletrónica.
A numeração dos documentos deve ser progressiva e continua.